Ένας Ιάπωνας βιομηχανικός, υπό την επήρεια της αμερικανικής μόδας, αποφάσισε να ξεκινήσει την κατασκευή μεμονωμένων ατομικών καταφυγίων, αλλά δεν μπόρεσαν να δημιουργήσουν μαζική παραγωγή και το μόνο καταφύγιο που χτίστηκε εγκαταλείφθηκε. Πέντε χρόνια αργότερα, η κατασκευαστική εταιρεία, χρησιμοποιώντας το καταφύγιο ως ίδρυμα, ανέπτυξε ένα τριώροφο κτίριο, το πίσω μέρος του οποίου ήταν δίπλα στην πλαγιά. Σε αυτό το σπίτι εγκαταστάθηκε ένας άντρας που εγκατέλειψε εθελοντικά την κοινωνία. Στο πρόσφατο παρελθόν, ήταν ο προσωπικός γραμματέας ενός διάσημου πολιτικού, παντρεύτηκε την κόρη του και διαφημίζει ατομικά καταφύγια σε μια κατασκευαστική εταιρεία που ελέγχει ο πεθερός του.
Αλλά μια ωραία μέρα, πήρε από τη σύζυγό του έναν πενταετή γιο, τον οποίο οι γιατροί θεώρησαν διανοητικά καθυστερημένοι, και άρχισε να ζει με το παιδί ως καταφύγιο σε καταφύγιο. Ο ίδιος ορίστηκε ο δικηγόρος εκείνων που αγαπούσε περισσότερο σε αυτόν τον κόσμο - δέντρα και φάλαινες. Άλλαξε το όνομά του για να τονίσει τη νέα του ουσία, και άρχισε να αποκαλείται Ooki ("ισχυρό δέντρο") Isana ("γενναίο ψάρι"). Ασχολείται με την εξέταση φωτογραφιών φαλαινών, παρακολουθώντας κιάλια για δέντρα που μεγαλώνουν έξω. Για να είναι πιο κοντά στη φύση, έκανε μια τρύπα στο πάτωμα της αποθήκης 30 × 30 εκατοστά και βυθίστηκε στη σκέψη, βάζοντας τα γυμνά πόδια του στην πραγματική γη. Ο Isana μαγνητοφώνησε τις φωνές διαφόρων πουλιών και ο γιος του Dzin έμαθε να τα αναγνωρίζει με ακρίβεια: αποδείχθηκε ότι το αγόρι έχει μια ασυνήθιστα έντονη ακοή.
Μόλις συμβεί ένα περιστατικό σε μια βαλτώδη πεδινή περιοχή που είναι ορατή από τα παράθυρα ενός καταφυγίου. Ένα νεαρό κορίτσι σαγηνεύει έναν αστυνομικό πράκτορα, και οι φίλοι της τον επιτίθενται και παίρνουν το όπλο μακριά. Για να σώσει τον εαυτό του, ο πράκτορας επιλέγει τους πιο αδύναμους από τους επιτιθέμενους και, έχοντας σχεδιάσει, βάζει μια χειροπέδα στο χέρι του, ενώ κάνει κλικ στη δεύτερη χειροπέδα στο χέρι του. Οι έφηβοι χτύπησαν τον πράκτορα και το αγόρι προσπαθεί να κόψει το χέρι του για να δραπετεύσει. Ένας αστυνομικός αποσυνδέει τη χειροπέδα και τρέχει μακριά, και οι έφηβοι τον κραυγάζουν για μεγάλο χρονικό διάστημα.
Βλέποντας ότι τα δέντρα ήταν καλυμμένα με νεαρό φύλλωμα και απέκτησαν την αίσθηση της απόλυτης ασφάλειάς τους, η Isana, πνευματικά συνδεδεμένη μαζί τους, αισθάνεται επίσης προστατευμένη και φεύγει από το καταφύγιο. Αυτός, όπως τα φυτά, ξυπνά από την αδρανοποίηση και αναζητά μια διέξοδο για την ενέργεια που έχει συσσωρευτεί σε αυτόν. Μαζί με τον Jin, πηγαίνει στο λεωφορείο και πηγαίνει στο πάρκο, αλλά φτάνουν πολύ αργά: το πάρκο είναι ήδη κλειστό και οι βόλτες δεν λειτουργούν. Ωστόσο, ο φύλακας τους λείπει, και σε ένα ερημικό πάρκο συναντούν μια ομάδα επιθετικών εφήβων, ένας από τους οποίους έχει ένα επίδεσμο χέρι. Η Isana αισθάνεται έναν απίστευτο φόβο και βιάζεται να επιστρέψει στο καταφύγιο. Πηγαίνοντας στο κατάστημα και αφήνοντας τον Jin μόνο στο σπίτι, η Isana βιώνει επίσης φόβο. Έχει εφιάλτες τη νύχτα. Έχει την αίσθηση ότι το καταφύγιο τους παρακολουθείται συνεχώς. Μόλις ανακαλύψει ένα σχέδιο στον τοίχο ενός σπιτιού - έναν κύκλο και έναν σταυρό. Η Isana ζωγραφίζει δίπλα σε αυτό το μοτίβο των ματιών. Γνωρίζει ένα κορίτσι κοντά στο σπίτι του, το οποίο του προσφέρει να κοιμηθεί στο καμαρίνι της διάσημης ηθοποιού σε ένα εγκαταλελειμμένο στούντιο ταινιών, που στέκεται λίγο πιο μακριά από τα βαλτώδη πεδινά. Η Isana δεν απαντάει τίποτα και φεύγει, και τη νύχτα ακούει την καταπάτηση των εφήβων στην οροφή και ανησυχεί για τον Jin, του οποίου η εύθραυστη ψυχική ισορροπία είναι τόσο εύκολα αναστατωμένη.
Την επόμενη μέρα, η Isana κοιτάζει μέσα από κιάλια στα ερείπια ενός κινηματογραφικού στούντιο και βλέπει ένα γυμνό κορίτσι στο παράθυρο του περιπτέρου. Ξαφνικά παρατηρεί μια ομάδα εφήβων που τον κατηγορούν ότι τους κατασκοπεύει. Ρωτούν γιατί η Isana και ο Jin ζουν εδώ χωρίς να μιλούν σε κανέναν. Η Isana τους εξηγεί ότι είναι δικηγόρος για δέντρα και φάλαινες. Έχοντας απειλή με αντίποινα, οι έφηβοι ανάγκασαν τον Isan να αφήσει το αγόρι στο σπίτι του, έναν έφηβο του οποίου η πληγή άρχισε να φρενάρει και το Inago, το ίδιο το κορίτσι που πρότεινε τον Isan να κοιμηθεί μαζί της. Η Isana πηγαίνει στο φαρμακείο για φάρμακα για τον ασθενή, ενώ ο Inago φροντίζει τον Jin. Προς έκπληξη του Isan, το κορίτσι μεταχειρίζεται το μωρό προσεκτικά και προσεκτικά.
Ένας από τους εφήβους, ο Takaki, λέει στην Isana για το Whale Tree. Ως παιδί, ο Takaki το άκουσε, τον ονειρεύτηκε, αλλά δεν τον είδε ποτέ. Το όνομα "Whale Tree" δίνει στον Isan μια ζεστή αίσθηση, αρχίζει επίσης να του φαίνεται ότι υπάρχει τέτοιο δέντρο. Επιστρέφοντας από το φαρμακείο, η Isana πέφτει από το ποδήλατο. Οι έφηβοι γελούν, δεν σκέφτονται καθόλου ότι μπορεί να πληγωθεί. Η Isana θαυμάζει τη σκληρότητα τους. Ο Takaki φτάνει για την Isana σε ένα κλεμμένο αυτοκίνητο και συνεχίζει την ιστορία του Whale Tree. Λίγες μέρες αργότερα, ο Takaki δείχνει στην Isana μια κρυφή μνήμη εφήβων: εγκαταστάθηκαν σε ένα εγκαταλελειμμένο κινηματογραφικό στούντιο. Συναρμολόγησαν τον σκούνερ, τον οποίο έπρεπε να φυλάξει ένας από αυτούς, το έσυραν σε τμήματα σε ένα από τα περίπτερα, και εκεί το συγκέντρωσαν και άρχισαν να μελετούν τη ναυτιλιακή επιχείρηση, ώστε αργότερα να μπορέσει να πλεύσει. Οι έφηβοι είναι ενωμένοι στην Ένωση Ελεύθερων Ναυτικών και ζουν εδώ, εξοπλίζοντας τους θαλάμους στο υπόγειο.
Βλέποντας ότι ο Takaki έφερε τον Isan, το αγόρι, που σχεδόν είχε αναρρώσει και επέστρεψε στον σκούναρ, θέλει να πυροβολήσει "αυτόν τον τρελό άντρα": κανένας άλλος δεν πρέπει να γνωρίζει για την κρυφή μνήμη τους. Η Isana δεν φοβάται τον θάνατο: Ο Inago νοιάζεται τόσο καλά για το αγόρι που μπορεί να κάνει χωρίς πατέρα. Αλλά η Isana πρέπει να εκπληρώσει την αποστολή της - να πει στους νεοεισερχόμενους από άλλους κόσμους ότι δεν ήταν άνθρωπος που βασίλευε στη γη, αλλά φάλαινες και δέντρα. Ο αγώνας φοβάται ότι η Isana θα τα αναφέρει στην αστυνομία, αλλά όλοι οι άλλοι έφηβοι είναι εμπνευσμένοι από την εμπιστοσύνη στον Isan και του προσφέρουν να συμμετάσχει.
Ένας άντρας με το ψευδώνυμο Korotky, ο οποίος είναι ήδη σαράντα ετών, έτσι ώστε να είναι ακόμη μεγαλύτερος από τον Isan, λέει ότι στα τριάντα πέντε χρόνια ξαφνικά άρχισε να συρρικνώνεται και εξακολουθεί να συρρικνώνεται. Πράγματι, τα άκρα του φαίνονται πολύ μακριά σε σύγκριση με ένα υπερβολικά κοντό σώμα. Εστάλη σε ψυχιατρικό νοσοκομείο, αλλά δραπέτευσε από εκεί. Δεν έχει θέση στον κόσμο των απλών ανθρώπων και αισθάνεται φυσιολογικός σε μια κοινωνία εφήβων. Ακούγοντας τη συλλογιστική του Isan για τα δέντρα και τις φάλαινες, οι έφηβοι καταλήγουν στο συμπέρασμα ότι έχει αυτό που τους λείπει: την ικανότητα να βάζει τις σκέψεις τους σε λόγια. Πιστεύουν ότι η εξαιρετική του γνώση της λέξης μπορεί να είναι χρήσιμη για αυτούς.
Η Isana ομολογεί στους εφήβους της τις αμαρτίες της: όταν ήταν γραμματέας του πεθερού του, έφερε αγόρια σε αυτόν, επιδίδοντας τις διαστροφές του. Μόλις σκότωσαν κατά λάθος ένα αγόρι και από τότε, η Isana δεν γνώριζε την ειρήνη. Ως "ειδικός στα λόγια", ο Isan αρχίζει να μελετά αγγλικά με εφήβους, επιλέγοντας αυτό το "Moby Dick" και τον Dostoevsky σε μια αγγλική μετάφραση. Στην αρχή, φοβάται ότι οι συνομιλίες του γέρου Zosima φαίνονται πολύ ηθικές για τους εφήβους, αλλά ακούνε με μεγάλο ενδιαφέρον, και η λέξη «προσευχή» τους κυριεύει κυριολεκτικά. Προς έκπληξη του Isan, οι έφηβοι έγιναν πολύ λάτρεις του Jin και τους άρεσε να ακούει σοβαρή μουσική. Η Isana περιμένει το τέλος του κόσμου και οι έφηβοι περιμένουν τον Μεγάλο Σεισμό - έχουν πολλά κοινά.
Οι έφηβοι προσελκύονται στην Ένωση Ελεύθερων Ναυτικών από έναν στρατιώτη των δυνάμεων αυτοάμυνας - αγαπημένο Inago. Θέλουν να τους διδάξει πώς να χειρίζονται όπλα. Η Isana ζητά από τη σύζυγό του Ναόμπι να βρει ένα μέρος στην ακτή όπου αυτός και οι φίλοι του θα μπορούσαν να ζήσουν δύο έως τρεις εβδομάδες. Ο Ναόμπι βρει ένα τέτοιο μέρος για αυτούς στο Izu, αλλά εκεί ο Κορότκι διαπράττει προδοσία - φωτογραφίζει τις στρατιωτικές ασκήσεις της Ένωσης Ελεύθερων Ναυτικών και πωλεί φωτογραφίες στην εβδομάδα. Θέλει να αναγκάσει τους εφήβους να τον σκοτώσουν, πιστεύοντας ότι το έγκλημα θα τους ενώσει και θα μετατρέψει την Ένωση Ελεύθερων Ναυτικών σε στρατιωτική οργάνωση. Οι έφηβοι οργανώνουν μια δίκη του Κορότκι, κατά τη διάρκεια της οποίας ένας από αυτούς - Tamakichi - τραυματίζει κατά λάθος τον Κορότκι. Συνειδητοποιώντας ότι η κοντή πληγή είναι θανατηφόρα, οι έφηβοι αποφασίζουν να τον εκτελέσουν. Καθένας τους πετάει μια πέτρα. Η Isana και ο στρατιώτης ξεχωρίζουν. Ένας στρατιώτης, αρπάζοντας ένα φορτωμένο πολυβόλο και ρίχνοντας τον Inago, κάθεται σε μια μοτοσικλέτα και τρέχει μακριά, οι έφηβοι ξεκίνησαν να κυνηγούν. Ένας από αυτούς - ο Tamakichi - ρίχνει μια χειροβομβίδα σε έναν ψαρά. Ο σκούνερ ανάβει και η υποψία πέφτει στον στρατιώτη. Ένας στρατιώτης αυτοκτονεί. Ο Inago γίνεται η ερωμένη του Isan, Isan, Dzini, Inago επιστρέφει στο Τόκιο, σε καταφύγιο. Εκεί τους συναντούν έφηβοι: καταστρέφουν ένα κινηματογραφικό στούντιο, δεν είχαν πουθενά, και αφού έσπασαν ένα παράθυρο ανέβηκαν στο καταφύγιο του Isan.
Στο περίπτερο στο κινηματογραφικό στούντιο υπήρχε μόνο μία μάχη: ποτέ δεν συμφώνησε να φύγει από τον σκούνερ. Για να μην πέσει σε λάθος χέρια, το ανατινάξει. Οι εργάτες που καταστρέφουν ένα κινηματογραφικό στούντιο νίκησαν τον Boy. Ο Tamakichi μεταφέρει τον θάνατο σύντροφο σε μια κλινική του Πανεπιστημίου του Τόκιο και τον αφήνει στην στοά. Οι έφηβοι σκέφτονται τι να κάνουν στη συνέχεια. Η Isana ζητά από το Ναόμπι να βοηθήσει να πάρει τα χρήματα για το πλοίο να ταξιδεύει με τους εφήβους. Η Ναόμπι προτάθηκε για τις εκλογές και η Isana ελπίζει ότι θα ήταν πιο επικερδές να έχει το σύζυγο και τον γιο της να κολυμπούν στη θάλασσα, προστατεύοντας τις φάλαινες, αντί να κάθονται σε ατομικό καταφύγιο. Το Naobi υπόσχεται να προσφέρει στην κατασκευαστική εταιρεία να αγοράσει καταφύγιο και γη από την Isan - τα έσοδα θα είναι αρκετά για την προγραμματισμένη επιχείρηση. Σε περίπτωση που οι έφηβοι κάνουν προμήθειες τροφίμων - εάν πρόκειται να πολιορκηθούν, θα τους χρειαστούν σε ένα καταφύγιο, αλλά αν αναμένεται να πλεύσουν, θα τους πάρουν μαζί τους. Για να μην θέσει σε κίνδυνο το παιδί, οι έφηβοι προσφέρουν στον Isan και τον Jin να φύγουν από το καταφύγιο, αλλά η Isana θέλει να ενημερώσει τη σύζυγό του ότι αυτοί και ο Jin κρατούνται όμηροι - τότε σίγουρα θα βάλει ένα πλοίο στη διάθεσή τους. Τα αστυνομικά αυτοκίνητα είναι ορατά από το παράθυρο του καταφυγίου. Μια μηχανοκίνητη ομάδα περιβάλλει το κτίριο. Οι έφηβοι πυροβολούν, η αστυνομία έριξε δακρυγόνα. Προτρέπουν τους πολιορκημένους να παραδοθούν.
Οι έφηβοι περιμένουν την άφιξη της γυναίκας του Isan. Η Ναόμπι φτάνει, αλλά ισχυρίζεται ότι ακόμη και στο όνομα της ζωής του παιδιού της, δεν θα συνάψει συμφωνία με εγκληματίες. Οι έφηβοι πολεμούν γενναία, αλλά η δύναμη δεν είναι στο πλευρό τους και πεθαίνουν το ένα μετά το άλλο. Γίνεται σαφές ότι δεν χρειάζονται πλέον το πλοίο: ακόμα δεν μπορούσαν να πάνε ιστιοπλοΐα, επειδή ο πλοηγός και ο χειριστής ραδιοφώνου σκοτώθηκαν. Ο Tamakichi σκοπεύει να αγωνιστεί μέχρι το τέλος, αλλά δεν θέλει η Ένωση Ελεύθερων Ναυτικών να εξαφανιστεί χωρίς ίχνος. Καλεί τον Takaki να φύγει και να τον αναζωογονήσει. Η Isana παραιτείται ως ειδικός σύμφωνα με την Ένωση Ελεύθερων Ναυτικών, τώρα είναι πλήρως δεσμευμένη στα καθήκοντα ενός δικηγόρου φάλαινας και δέντρου. Ο Takaki παραδέχεται ότι η ιστορία του για το Whale Tree είναι μυθοπλασία, αλλά ο Isana αντιτίθεται ότι, μόλις δεν μπορεί να πάει στο σπίτι του Takaki και να πειστεί για αυτό, τίποτα δεν τον εμποδίζει να πιστέψει ότι υπάρχει το δέντρο της φάλαινας. Ο Takaki με λευκή σημαία φεύγει από το καταφύγιο, ακολουθούμενος από τον Inago με τον Jin στην αγκαλιά του και έναν γιατρό (πρώην φοιτητής σε ιατρικό ίδρυμα). Ενώ πηγαίνουν στο αυτοκίνητο, η αστυνομία τους χτύπησε.
Όταν το αυτοκίνητο απομακρύνει εκείνους που παραδόθηκαν, ένα πυροσβεστικό όχημα με γερανό οδηγεί μέχρι το καταφύγιο και αρχίζει να καταστρέφει το κτίριο. Μόνο η Isana και η Tamakiti παρέμειναν στο καταφύγιο. Η Isana κατεβαίνει στην αποθήκη. Βάζοντας τα πόδια του στο έδαφος, ακούει την ταινία με κραυγές φαλαινών. Το νερό εκτοξεύεται από το έδαφος ως κρήνη: εκπέμπεται από πυροσβεστικό όχημα, διέρρευσε κάτω από το θεμέλιο και έφραξε στο σημείο όπου υπήρχε μια τρύπα στο πάτωμα. Το κάλυμμα φρεατίων αυξάνεται, ακούγονται πλάνα. Η Isana πυροβολεί. Το νερό αυξάνεται όλο και περισσότερο. Όσον αφορά τις ψυχές των δέντρων και των φαλαινών, η Isana τους στέλνει την τελευταία συγχώρεση και πεθαίνει.