Στο σπίτι του Ιβάν Πετρόβιτς Σούισκι, παρουσία πολλών κληρικών και μερικών μποϊάρων, αποφασίζουν να διαζύξουν τον Φιόδωρ Ιωάννοβιτς με την τσαρίνα, την αδελφή της Γκοντούνοβα, χάρη σε ποιον, διατηρείται ο Μπόρις. Φτιάχνουν ένα χαρτί, όπου, θυμούνται το άγονο της βασίλισσας και της βρεφικής ηλικίας του Δημητρίου, ζητούν από τον βασιλιά να συνάψει νέο γάμο. Ο Γκόλοβιν υπαινίσσεται τον Σούισκι για το ενδεχόμενο τοποθέτησης του Δημητρίου στη θέση του Φέντορ, αλλά δέχεται αυστηρή απόρριψη. Η πριγκίπισσα Mstislavskaya μεταφέρει τους επισκέπτες, πίνει την υγεία του Fedor. Ο Σαχόφσκι, γαμπρός της Μυσσλαβσκάγια, ο τζόγο Βόλοκοφ καλεί τον τόπο μυστικής συνάντησης. Ο Ιβάν Πετρόβιτς στέλνει αναφορά στον Μητροπολίτη, εκφράζοντας τη λύπη του για την ανάγκη να καταστρέψει τη βασίλισσα. Ο Fedyuk Starkov, ο μπάτλερ του, αναφέρει τι έχει δει ο Godunov. Έχοντας λάβει από τον Uglich πληροφορίες σχετικά με τη σχέση του Golovin με τον Nagimi και βλέποντας μια απειλή για τη δύναμή του, ανακοινώνει στους υποστηρικτές του, τον Lup-Kleshnin και τον πρίγκιπα Turenin, την απόφαση να συμφιλιωθεί με τον Shuisky. Ο Fyodor φτάνει, διαμαρτύρεται για ένα άλογο. Εμφανίζεται η Τσαρίνα Ιρίνα, την οποία ο Φέντορ αναφέρει κακώς για την ομορφιά Μυσισλάβσκια, την οποία είδε στην εκκλησία, και αμέσως διαβεβαιώνει την Τσαρίνα ότι είναι πιο όμορφη γι 'αυτόν από όλους τους άλλους. Ο Godunov μιλά για την επιθυμία να συμβιβαστεί με τον Shuisky, και ο τσάρος αναλαμβάνει με χαρά το θέμα.
Ο Fedor ανακοινώνει την πρόθεσή του να συμφιλιώσει τον Godunov με τον Shuisky και ζητά βοήθεια από τον Μητροπολίτη Διονύσιο και άλλους κληρικούς. Ο Διονύσιος κατηγορεί τον Γκόντονοφ για καταπίεση της εκκλησίας, επιεικής στους αιρετικούς και επανέλαβε την είσπραξη φόρων από τους οποίους απελευθερώθηκε η εκκλησία. Ο Godunov του παρουσιάζει προστατευτικές επιστολές και αναφορές σχετικά με τη δίωξη της αίρεσης που έχει γίνει. Ο βασιλιάς ζητά υποστήριξη από την Ιρίνα και τους μποϊάρους. Συνοδευόμενος από τον λαϊκό ενθουσιασμό, έρχεται ο Ιβάν Πετρόβιτς Σούισκι. Ο Fedor τον κατηγορεί για μη επίσκεψη στη Δούμα, ο Σούσκι αποθαρρύνεται από την αδυναμία συγκατάθεσης στον Γκοντούνοφ. Ο Fyodor, θυμάται τις Γραφές και καλεί κληρικούς για μάρτυρες, μιλά για τα οφέλη της συμφιλίωσης και ο Godunov, υπάκουος σε αυτόν, προσφέρει τη συγκατάθεση του Shuisky. Ο Shuisky τον κατηγορεί επειδή δεν ήθελε να μοιραστεί τον κρατικό έλεγχο, τον οποίο κληρονόμησε ο John σε πέντε boyars: Zakharyin (νεκρός), Mstislavsky (δυνατά τόνισε), Belsky (εξόριστος), Godunov και Shuisky. Ο Godunov, δικαιολογώντας τον εαυτό του, μιλά για την αλαζονεία του Shuisky, ότι χρησιμοποίησε τη μοναδική δύναμη προς όφελος της Ρωσίας, η οποία αποδεικνύεται επίσης από: προσθέτει ότι το δύσκολο έργο της τακτοποίησης μιας απογοητευμένης κατάστασης ήταν μόνο ο Shuysky. Και όταν ο Ιβάν Πετρόβιτς αποκαλεί τον μητροπολίτη του υποστηρικτή, αναφέρει τις ενέργειες του Γκοντούνοφ υπέρ της εκκλησίας και τείνει τον Σούσκι στην ειρήνη. Η Ιρίνα, δείχνοντας το κεντημένο κάλυμμα της για το ιερό του Ψσκοφ, παραδέχεται ότι αυτός είναι ο όρκος προσευχής της για τη σωτηρία του Σούισκι, που πολιορκείταν από Λιθουανούς στο Ψκόφ. Ένας ενθουσιασμένος Shuisky είναι έτοιμος να ξεχάσει τον παλιό εχθρό, αλλά οι απαιτήσεις από τον Godunov εγγυήσεις ασφαλείας στους συνεργάτες του. Ο Γκόντονοφ ορκίζεται και φιλά το σταυρό. Προσκαλούν τους εκλεγμένους από το πλήθος που έφερε ο Shuisky. Ο Fyodor μιλά με τον γέρο και δεν ξέρει πώς να τον σταματήσει, στον ανιψιό του αναγνωρίζει τον έμπορο Krasilnikov, ο οποίος τον διασκεδάζει πρόσφατα με μια μάχη αρκούδας, θυμάται τον αδερφό του Golub, ο οποίος νίκησε τον Shakhovsky σε γροθιά - ο Godunov και ο Shuisky δεν κατάφεραν να επιστρέψουν αμέσως τον τσάρο σε αυτό που ζητήθηκαν από τους εκλογείς. . Ο Shuisky ανακοινώνει μια συμφιλίωση με τον Godunov, οι έμποροι ανησυχούν («Συμφωνείτε τα κεφάλια μας»), ο Shuisky ενοχλείται από τη δυσπιστία του για το άτομο που μόλις ορκίστηκε στο σταυρό. Οι έμποροι ζητούν προστασία από τον Γκόντονοφ, τον βασιλιά, αλλά τους στέλνει στον Μπόρις. Ο Μπόρις διατάζει ήσυχα να γράψει τα ονόματα των εμπόρων.
Το βράδυ στον κήπο του Shuisky, η πριγκίπισσα Mstislavskaya και η Vasilisa Volokhova περιμένουν τον Shakhovsky. Έρχεται, μιλά για αγάπη, για την ανυπομονησία με την οποία ο γάμος περιμένει, τη γελάει και αστειεύεται μαζί της. Ο Krasilnikov έρχεται να τρέξει, αφήνοντας μέσα, ο Shakhovsky κρύβει, καλεί τον Ivan Petrovich και αναφέρει ότι όλοι όσοι ήταν με τον τσάρο συνελήφθησαν με εντολή του Godunov. Ο σοκαρισμένος Shuisky διατάζει τη Μόσχα να ανέβει στο Godunov. Είχε υπαινίσσεται τον Δημήτρη Γκόλοβιν να διαλύεται απότομα και, λέγοντας ότι ο Μπόρις είχε ξεγελαστεί για εξαπάτηση, πήγε στο τσάρο. Εν τω μεταξύ, οι εναπομείναντες αγοραστές συζητούν την αναφορά, αναζητώντας μια νέα βασίλισσα. Ο Βασίλι Σούισκι καλεί την Πριγκίπισσα Μυσισλαβσκάγια. Ο αδερφός της δεν αποφάσισε αμέσως, θέλοντας να βρει τουλάχιστον έναν λόγο για μια διαμάχη με τον Σάχοφσκι. Ενώ διστάζει, ο Γκόλοβιν γράφει το όνομα της πριγκίπισσας σε μια αναφορά. Εμφανίζεται η Shakhovskaya, δηλώνοντας ότι δεν θα εγκαταλείψει τη νύφη. Η πριγκίπισσα και η Volokhova βρίσκονται επίσης. Με μια γενική κραυγή, αμοιβαίες απειλές και κατηγορίες, ο Shakhovskaya αρπάζει ένα γράμμα και τρέχει. Ο Γκόντουνοφ παρουσιάζει στα έγγραφα του Τσάρου, τα περιεχόμενα στα οποία δεν μπαίνει, αλλά συμφωνεί με τις αποφάσεις του Μπόρις. Η Tsarina Irina μιλά για μια επιστολή του Uglich από τη βασίλισσα Dowager με αίτημα να επιστρέψει με τον Δημήτρη στη Μόσχα. Ο Fyodor ανέθεσε την υπόθεση στον Μπόρις, αλλά η Ιρίνα ζήτησε από αυτόν να επιλυθεί η «οικογενειακή υπόθεση». Ο Fedor διαφωνεί με τον Boris και ενοχλείται από την επιμονή του. Ο Shuisky έρχεται, παραπονιέται για τον Godunov. Δεν ξεκλειδώνει, εξηγώντας ότι οι έμποροι δεν είχαν ληφθεί για το παρελθόν, αλλά επειδή προσπαθούσαν να αναστατώσουν τον κόσμο ανάμεσα σε αυτόν και τον Shuisky. Ο τσάρος είναι έτοιμος να συγχωρήσει τον Γκοντούνοφ, πιστεύοντας ότι απλά δεν καταλάβαιναν ο ένας τον άλλον, αλλά η αδυσώπητη απαίτηση να αφήσει τον πρίγκιπα στο Ούγκλιχ είναι τελικά θυμωμένη με τον τσάρο. Ο Γκόντουνοφ λέει ότι παραχωρεί στον Σούισκι, ο Φεντόρ τον παρακαλεί να μείνει, ο Σούσισκι, τραυματισμένος από τη συμπεριφορά του τσάρου, φεύγει. Ο Kleshnin φέρνει την επιστολή του Golovin Nagim που εστάλη από τον Uglich, ο Godunov το δείχνει στον τσάρο, ζητώντας να συνεχιστεί η κράτηση ο Shuisky και, ενδεχομένως, να εκτελεστεί. Σε περίπτωση αποτυχίας, απειλεί να φύγει. Σοκαρισμένος Fedor μετά από μεγάλο δισταγμό αρνείται τις υπηρεσίες του Godunov.
Ο Ivan Petrovich Shuisky παρηγορεί την πριγκίπισσα Mstislavskaya: δεν θα της επιτρέψει να παντρευτεί τον τσάρο και ελπίζει ότι η Shakhovskaya δεν θα τους ενημερώσει. Αφού έστειλε την πριγκίπισσα, δέχεται τους μπούρους και τους φυγάδες Krasilnikov και Dove, και, με την παραίτηση της απομάκρυνσης του φτωχού Φεντόρ και του θρόνου του Δημητρίου, καθορίζει τα καθήκοντα όλων. Ο απομακρυσμένος Godunov, που κάθεται στο σπίτι, ρωτά τον Kleshnin για τη Volokhova και επαναλαμβάνει πολλές φορές, «για να κλέψει τον πρίγκιπα». Ο Kleshnin στέλνει στον Volokhov στην UGLICH μια νέα μητέρα, τον διατάζει να προστατευτεί και υπαινίσσεται ότι εάν ο πρίγκιπας που πάσχει από έναν ορυζώνα θα σκοτωθεί, δεν θα την ρωτήσουν. Εν τω μεταξύ, ο Fedor δεν μπορεί να καταλάβει τα χαρτιά που του παρουσιάστηκαν. Ο Kleshnin φτάνει και αναφέρει ότι ο Μπόρις αρρώστησε με απογοήτευση και ο Σούσκι πρέπει αμέσως να φυλακιστεί για την πρόθεσή του να ανυψώσει τον Δημήτριο στο θρόνο. Ο Fedor δεν πιστεύει. Ο Shuisky μπαίνει, στον οποίο ο Fedor μιλά για καταγγελία και του ζητά να δικαιολογήσει τον εαυτό του. Ο πρίγκιπας αρνείται, ο βασιλιάς επιμένει, ο Kleshnin σπρώχνει. Ο Σούσκι ομολόγησε την εξέγερση. Ο Fyodor, φοβισμένος ότι ο Godunov θα τιμωρούσε τον Shuisky για προδοσία, δηλώνει ότι ο ίδιος διέταξε να θέσει τον πρίγκιπα στο θρόνο και εκδιώκει τον σοκαρισμένο Shuisky από το δωμάτιο. Ο Shakhovskaya ξεσπά στα βασιλικά δωμάτια και ζητά να του επιστρέψει τη νύφη. Ο Fedor, έχοντας δει την υπογραφή του Ivan Petrovich Shuisky, κλαίει και δεν ακούει τα επιχειρήματα της Irina σχετικά με τον παραλογισμό της εφημερίδας. Προστατεύοντας την Ιρίνα από προσβολές, υπογράφει τη διαταγή του Μπορίσοφ, τρομοκρατώντας τόσο την ίδια όσο και τη Σάχοφσκι. Στη γέφυρα πάνω από τον ποταμό ο γέρος ταραχές τους ανθρώπους για τον Σούισκι, ο Χούσαρ τραγουδά για την ανδρεία του. Ένας αγγελιοφόρος βόλτα με τα νέα για την πρόοδο των Τατάρων. Ο πρίγκιπας Τορενίν με τοξότες οδηγεί τον Σούσκι στη φυλακή Οι άνθρωποι, που καθοδηγούνται από τον γέρο, θέλουν να απελευθερώσουν τον Σούισκι, αλλά μιλά για την ενοχή του ενώπιον του «ιερού» βασιλιά και ότι αξίζουν τιμωρία.
Ο Kleshnin αναφέρει στον Godunov ότι οι Shuiskys και οι υποστηρικτές τους φυλακίζονται και εισάγει τον Βασίλι Ivanovich Shuisky. Γυρίζει το θέμα σαν να είχε ξεκινήσει μια αναφορά για το καλό του Godunov. Κατανοώντας ότι ο Shuisky είναι στα χέρια του, ο Godunov τον αφήνει να φύγει. Η Τσαρίνα Ιρίνα έρχεται να μεσολαβήσει για τον Ιβάν Πέτροβιτς. Ο Γκοντούνοφ, συνειδητοποιώντας ότι ο Σούσκι δεν θα σταματήσει να διαφωνεί μαζί του, είναι επιμονή. Στην πλατεία μπροστά από τον καθεδρικό ναό, οι ζητιάνοι μιλούν για αλλαγή στον μητροπολίτη που είναι απαράδεκτο για τον Γκόντονοφ, σχετικά με την εκτέλεση εμπόρων που στέκονταν πίσω από τον Σούισκι. Η Τσαρίνα Ιρίνα οδηγεί τη Μυσισλάβσκια να ζητήσει τον Σούισκι. Ο Fedor βγαίνει από τον καθεδρικό ναό, έχοντας εξυπηρετήσει ένα ρεκόρ για τον Τσάρ Ιβάν. Η πριγκίπισσα ορμά στα πόδια του. Ο Fedor στέλνει τον πρίγκιπα Turenin για τον Shuisky. Ωστόσο, ο Turenin αναφέρει ότι ο Shuisky στραγγαλίστηκε τον βράδυ, κατηγορεί τον εαυτό του για παράβλεψη (επειδή νίκησε το πλήθος που έφερε στη φυλακή ο Shakhovsky και χτύπησε μόνο πυροβολώντας τον Shakhovsky). Ο Fedor σπεύδει να το Τουρίνιν, κατηγορώντας τον ότι σκότωσε τον Shuisky και τον απειλεί με εκτέλεση. Ο αγγελιοφόρος φέρνει μια επιστολή από τον Uglich σχετικά με το θάνατο του πρίγκιπα. Ο σοκαρισμένος βασιλιάς θέλει να ανακαλύψει ο ίδιος την αλήθεια. Έρχεται ένα μήνυμα σχετικά με την προσέγγιση του Χαν και την πρώιμη πολιορκία της Μόσχας. Ο Godunov προσφέρει να στείλει τον Kleshnin και τον Βασίλι Shuisky, και ο Fedor είναι σίγουρος για την αθωότητα του Godunov. Η πριγκίπισσα Mstislavskaya λέει ότι σκοπεύει να κόψει τα μαλλιά της. Ο Fyodor, μετά από συμβουλή της συζύγου του, θα μεταβιβάσει όλο το βάρος της κυβέρνησης στον Μπόρις και, θυμούνται την πρόθεσή του να «συμφωνήσει σε όλα, να εξομαλύνει τα πάντα», θρηνεί τη μοίρα του και το βασιλικό του καθήκον.