Το λυρικό μυθιστόρημα - το μεγαλύτερο έργο του συγγραφέα - είναι γραμμένο σε επιστολική μορφή. Το όνομα του πρωταγωνιστή - Hyperion - αναφέρεται στην εικόνα του τιτάνα, του πατέρα του θεού του ήλιου Helios, του οποίου το μυθολογικό όνομα σημαίνει High-Seated. Φαίνεται ότι η δράση του μυθιστορήματος, που είναι ένα είδος «πνευματικής οδύσσειας» του ήρωα, πραγματοποιείται εκτός χρόνου, αν και η σκηνή των γεγονότων είναι η Ελλάδα του δεύτερου μισού του 18ου αιώνα, που βρίσκεται κάτω από τον τουρκικό ζυγό (αυτό υποδηλώνεται από αναφορές στην εξέγερση στη Θάλασσα και στη Μάχη του Τσέσμε το 1770).

Μετά τις δοκιμασίες που έπεσε στο δικό του, ο Hyperion αποχωρεί από τη συμμετοχή στον αγώνα για την ανεξαρτησία της Ελλάδας, έχει χάσει την ελπίδα για την επικείμενη απελευθέρωση της πατρίδας του, γνωρίζει την αδυναμία του στη σύγχρονη ζωή. Από εδώ και πέρα, επέλεξε τον δρόμο της απομόνωσης για τον εαυτό του. Έχοντας την ευκαιρία να επιστρέψει στην Ελλάδα και πάλι, ο Hyperion εγκαθίσταται στον Ισθμό της Κορίνθου, από όπου γράφει επιστολές στον φίλο του Bellarmin, ο οποίος ζει στη Γερμανία.

Φαίνεται ότι ο Hyperion πέτυχε αυτό που ήθελε, αλλά ο στοχαστικός ερημιτισμός επίσης δεν φέρνει ικανοποίηση, η φύση δεν του ανοίγει πλέον τα χέρια, αυτός, πάντα πρόθυμος να συγχωνευτεί μαζί της, ξαφνικά αισθάνεται τον εαυτό του ξένο, δεν την καταλαβαίνει. Φαίνεται ότι δεν προορίζεται να βρει αρμονία είτε μέσα του είτε χωρίς.

Σε απάντηση στα αιτήματα της Bellarmin, ο Hyperion του γράφει για την παιδική του ηλικία που πέρασε στο νησί της Τήνου, τα όνειρα και τις ελπίδες της εποχής. Αποκαλύπτει τον εσωτερικό κόσμο ενός πλούσια ταλαντούχου εφήβου, ασυνήθιστα ευαίσθητου στην ομορφιά και την ποίηση.

Η τεράστια επιρροή στη διαμόρφωση των απόψεων του νεαρού ασκείται από τον δάσκαλό του Αδάμαντα. Ο Hyperion ζει στις μέρες της πικρής παρακμής και της εθνικής δουλείας της χώρας του. Ο Αδάμαντας ενσταλάζει στον μαθητή μια αίσθηση θαυμασμού για την αρχαία εποχή, επισκέπτεται τα μεγαλοπρεπή ερείπια της πρώην δόξας, μιλά για την ανδρεία και τη σοφία των μεγάλων προγόνων. Ο Hyperion βιώνει μια δύσκολη διάλυση με τον αγαπημένο του μέντορα.

Γεμάτο πνευματική δύναμη και υψηλές παρορμήσεις, το Hyperion φεύγει για τη Σμύρνη για να μελετήσει στρατιωτικές υποθέσεις και πλοήγηση. Είναι ανυψωμένος, λαχτάρα για ομορφιά και δικαιοσύνη, συναντά συνεχώς ανθρώπινη διπλή όψη και έρχεται σε απόγνωση. Μια πραγματική επιτυχία είναι μια συνάντηση με την Αλαμπάντα, στην οποία βρίσκει έναν στενό φίλο. Οι νέοι απολαμβάνουν τη νεολαία, ελπίζουν για το μέλλον, ενώνονται από την υψηλή ιδέα της απελευθέρωσης της πατρίδας τους, επειδή ζουν σε μια κακοποιημένη χώρα και δεν μπορούν να συμφιλιωθούν με αυτό. Οι απόψεις και τα ενδιαφέροντά τους είναι σε μεγάλο βαθμό στενά, δεν σκοπεύουν να γίνουν σαν σκλάβοι, που συνήθως κάνουν ένα γλυκό χαστούκι, κατακλύζονται από τη δίψα να δράσουν. Εδώ αποκαλύπτεται η ασυμφωνία. Η Αλαμπάντα - ένας άντρας με πρακτική δράση και ηρωικές παρορμήσεις - συνεχίζει συνεχώς την ιδέα της ανάγκης «ανατίναξης σάπιων κολοβωμάτων». Το Hyperion, ωστόσο, επιμένει ότι είναι απαραίτητο να εκπαιδεύσουμε τους ανθρώπους με το σημάδι της «θεοκρατίας της ομορφιάς». Η Αλαμπάντα καλεί τέτοιου συλλογισμού άδειες φαντασιώσεις, φίλους διαπληκτίζονται και μοιράζονται.

Το Hyperion βιώνει μια άλλη κρίση, επιστρέφει στο σπίτι του, αλλά ο κόσμος γύρω είναι λευκασμένος, φεύγει για την Καλαβρία, όπου η επικοινωνία με τις ομορφιές της μεσογειακής φύσης τον ξυπνά για άλλη μια φορά.

Ο φίλος του Notar τον φέρνει στο ίδιο σπίτι, όπου συναντά την αγάπη του. Η Diomita του φαίνεται θεϊκή-όμορφη, βλέπει σε αυτήν μια ασυνήθιστα αρμονική φύση. Η αγάπη ενώνει τις ψυχές τους. Η κοπέλα είναι πεπεισμένη για το υψηλό κάλεσμα της επιλεγμένης της - να είναι «εκπαιδευτικός του λαού» και να ηγηθεί του αγώνα των πατριωτών. Ωστόσο, η Διόμιτα είναι ενάντια στη βία, ακόμη και για τη δημιουργία ενός ελεύθερου κράτους. Και ο Hyperion απολαμβάνει την ευτυχία που του έχει αποκτηθεί, απέκτησε ηρεμία, αλλά αναμένει την τραγική απόσυρση του ειδυλίου.

Λαμβάνει μια επιστολή από την Αλαμπάντα με ένα μήνυμα σχετικά με την επερχόμενη ομιλία των Ελλήνων πατριωτών. Έχοντας αποχαιρετήσει τον εραστή της, η Hyperion βιάζεται να ενταχθεί στις τάξεις των μαχητών για την απελευθέρωση της Ελλάδας. Είναι γεμάτος ελπίδα για νίκη, αλλά ηττήθηκε. Ο λόγος δεν είναι μόνο η ανικανότητα μπροστά στη στρατιωτική δύναμη των Τούρκων, αλλά και σε αντίθεση με άλλους, η σύγκρουση του ιδανικού με την καθημερινή πραγματικότητα: Ο Hyperion αισθάνεται την αδυναμία φύτευσης παραδείσου με τη βοήθεια μιας ομάδας ληστών - στρατιώτες του απελευθερωτικού στρατού πραγματοποιούν ληστείες και σφαγές, και τίποτα δεν μπορεί να συγκρατηθεί.

Αφού αποφάσισε ότι δεν έχει τίποτα περισσότερο κοινό με τους συμπατριώτες του, ο Hyperion μπαίνει στην υπηρεσία του ρωσικού στόλου. Από τώρα και στο εξής, η μοίρα της εξορίας τον περιμένει, ακόμη και ο πατέρας του τον κατάρασε. Απογοητευμένος, ηθικά παθιασμένος, αναζητά θάνατο στη ναυτική μάχη του Τσέσμε, αλλά παραμένει ζωντανός.

Μετά την παραίτησή του, σκοπεύει τελικά να θεραπεύσει ήρεμα με την Diomita κάπου στις Άλπεις ή στα Πυρηναία, αλλά λαμβάνει νέα για το θάνατό της και παραμένει απαράδεκτη.

Μετά από πολλές περιπλανήσεις, ο Hyperion καταλήγει στη Γερμανία, όπου ζει για αρκετό καιρό. Όμως, η αντίδραση και η καθυστέρηση που επικρατεί εκεί φαίνεται να ασφυκτίζει, σε μια επιστολή προς έναν φίλο του μιλάει καυστικά για την ψευδή δημόσια τάξη που πεθαίνει, την έλλειψη πολιτικών συναισθημάτων των Γερμανών, την ασήμαντη επιθυμία, τη συμφιλίωση με την πραγματικότητα.

Μόλις ο δάσκαλος Αδάμας προέβλεπε στον Υπερίωνα ότι τέτοιες φύσεις είναι καταδικασμένοι σε μοναξιά, περιπλάνηση, σε αιώνια δυσαρέσκεια με τον εαυτό τους.

Και η Ελλάδα ηττήθηκε. Η Διόμιτα είναι νεκρή. Ο Hyperion ζει σε μια καλύβα στο νησί της Σαλαμίνας, διαλέγοντας τις αναμνήσεις του παρελθόντος, θρηνώντας για απώλειες, το ανέφικτο των ιδανικών, προσπαθώντας να ξεπεράσει την εσωτερική διαφωνία, βιώνοντας μια πικρή αίσθηση μελαγχολίας. Του φαίνεται ότι πλήρωσε τη μαύρη ευγνωμοσύνη της μητέρας γης, αγνοώντας τη ζωή του και όλα τα δώρα αγάπης που σπατάλησε. Το πεπρωμένο του είναι στοχασμός και φιλοσοφία, όπως και πριν παραμένει πιστός στην πανθεϊστική ιδέα της σχέσης του ανθρώπου και της φύσης.