Η δράση λαμβάνει χώρα στις αρχές του ΧΧ αιώνα (στα χρόνια αμέσως πριν από την έναρξη του Πρώτου Παγκοσμίου Πολέμου) στην Ελβετία, σε ένα σανατόριο φυματίωσης που βρίσκεται κοντά στο Νταβός. Το όνομα του μυθιστορήματος προκαλεί συσχετίσεις με το όρος Gerzelberg (Sinful, ή Magic Mountain), όπου, σύμφωνα με το μύθο, ο μινιζίντζερ Tannhäuser πέρασε επτά χρόνια αιχμαλωσίας με τη θεά Αφροδίτη.
Ο ήρωας του μυθιστορήματος, ένας νεαρός Γερμανός με το όνομα Hans Kastorp, έρχεται από το Αμβούργο στο σανατόριο Berggof για να επισκεφτεί τον ξάδελφό του Joachim Zimsen που υποβλήθηκε σε θεραπεία εκεί. Ο Hans Kastorp σκοπεύει να περάσει όχι περισσότερο από τρεις εβδομάδες στο σανατόριο, αλλά μέχρι το τέλος της προγραμματισμένης περιόδου αισθάνεται αδιαθεσία, συνοδευόμενη από αύξηση της θερμοκρασίας. Ως αποτέλεσμα ιατρικής εξέτασης, εμφανίζει σημάδια φυματίωσης και με την επιμονή του επικεφαλής ιατρού Behrens, ο Hans Kastorp παραμένει στο σανατόριο για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα. Από την ίδια στιγμή της άφιξης, ο Hans Kastorp ανακαλύπτει ότι ο χρόνος στα βουνά δεν ρέει καθόλου όπως στην πεδιάδα, και ως εκ τούτου είναι σχεδόν αδύνατο να καθοριστεί πόσες ημέρες, εβδομάδες, μήνες, χρόνια πέρασαν μεταξύ αυτών ή άλλων περιγραφέντων γεγονότων και πόσο καλύπτει ολόκληρο το μυθιστόρημα. Στο τέλος του μυθιστορήματος, ωστόσο, λέγεται ότι ο Hans Kastorp πέρασε συνολικά επτά χρόνια στο σανατόριο, αλλά ακόμη και αυτός ο αριθμός μπορεί να θεωρηθεί ως μια συγκεκριμένη καλλιτεχνική σύμβαση.
Στην πραγματικότητα, η πλοκή και τα γεγονότα που συμβαίνουν στο μυθιστόρημα δεν είναι απολύτως σημαντικά για την κατανόηση της σημασίας του. Είναι απλώς μια δικαιολογία για την αντίθεση των διαφορετικών θέσεων ζωής των χαρακτήρων και δίνουν στον συγγραφέα την ευκαιρία να μιλήσει για πολλά θέματα που τον απασχολούν: ζωή, θάνατος και αγάπη, ασθένεια και υγεία, πρόοδος και συντηρητισμός, η μοίρα του ανθρώπινου πολιτισμού στα πρόθυρα του 20ου αιώνα. Αρκετές δεκάδες χαρακτήρες περνούν στο μυθιστόρημα - κυρίως ασθενείς, γιατροί και νοσηλευτικό προσωπικό: κάποιος αναρρώνει και φεύγει από το Berghof, κάποιος πεθαίνει, αλλά νέοι έρχονται συνεχώς στη θέση τους.
Ανάμεσα σε εκείνους με τους οποίους συναντά ήδη ο Χανς Καστόρπ τις πρώτες μέρες της παραμονής του στο σανατόριο, ένα ιδιαίτερο μέρος κατέχει ο κ. Λοδοβίκο Σέμπμπρινι - ένας απόγονος του Καρμπονάρι, ένας freemason, ένας ανθρωπιστής, ένθερμος υποστηρικτής της προόδου. Ταυτόχρονα, ως αληθινός Ιταλός, μισεί παθιασμένα την Αυστρία-Ουγγαρία. Οι ασυνήθιστες, μερικές φορές παράδοξες ιδέες του, που εκφράζονται σε μια φωτεινή, συχνά καυστική μορφή, έχουν τεράστιο αντίκτυπο στο μυαλό ενός νεαρού άνδρα που αρχίζει να εκτιμά τον κ. Σεθεμπρίνη ως μέντορά του.
Ένας σημαντικός ρόλος στην ιστορία της ζωής του Hans Kastorp έπαιξε η αγάπη του για τον Ρώσο ασθενή στο σανατόριο Madame Claudia Shosha - η αγάπη με την οποία, λόγω της αυστηρής ανατροφής του σε μια καλβινιστική οικογένεια, αρχικά αντιστέκεται με κάθε τρόπο. Πολλοί μήνες περνούν πριν ο Χανς Καστόρπ μιλήσει με τον αγαπημένο του - αυτό συμβαίνει κατά τη διάρκεια του καρναβαλιού την παραμονή της Σαρακοστής και την αποχώρηση του Κλαούντιου από το σανατόριο.
Κατά τη διάρκεια του χρόνου στο σανατόριο, ο Hans Kastorp παρασύρθηκε σοβαρά από πολλές φιλοσοφικές και φυσικές επιστήμες ιδέες. Παρακολουθεί διαλέξεις για την ψυχανάλυση, μελετά σοβαρά ιατρική βιβλιογραφία, ενδιαφέρεται για θέματα ζωής και θανάτου, μελετά μοντέρνα μουσική, χρησιμοποιώντας για τους σκοπούς του το τελευταίο επίτευγμα της τεχνολογίας - ηχογράφησης κ.λπ. Στην ουσία, δεν σκέφτεται πλέον τη ζωή του στην πεδιάδα, ξεχνά ότι θα βρει δουλειά εκεί, ουσιαστικά διακόπτει τους δεσμούς με τους λίγους συγγενείς του και αρχίζει να θεωρεί τη ζωή στο σανατόριο ως τη μόνη δυνατή μορφή ύπαρξης.
Με τον ξάδελφό του Joachim, η κατάσταση είναι ακριβώς το αντίθετο. Είχε μακρά και σκληρή προετοιμασία για μια στρατιωτική καριέρα, και ως εκ τούτου θεωρεί κάθε επιπλέον μήνα που περνάει στα βουνά ως ένα ατυχές εμπόδιο στην πραγματοποίηση του ονείρου της ζωής του. Σε κάποιο σημείο, δεν αντέχει και, δίνοντας προσοχή στις προειδοποιήσεις των γιατρών, φεύγει από το σανατόριο, μπαίνει σε στρατιωτική θητεία και λαμβάνει αξιωματικό. Ωστόσο, περνά πολύ λίγος χρόνος και η ασθένειά του επιδεινώνεται, οπότε αναγκάζεται να επιστρέψει στα βουνά, αλλά αυτή τη φορά η θεραπεία δεν τον βοηθά και σύντομα πέθανε.
Λίγο πριν από αυτό, ένας νέος χαρακτήρας εμπίπτει στον κύκλο των γνωστών του Χανς Καστόρπ - του Ιησουίτη Ναφτά, του αιώνιου και αμετάβλητου αντιπάλου του κ. Σέμπμπρινι. Η Nafta εξιδανικεύει το μεσαιωνικό παρελθόν της Ευρώπης, καταδικάζει την ίδια την έννοια της προόδου και ολόκληρο τον σύγχρονο αστικό πολιτισμό που ενσωματώνεται σε αυτήν την ιδέα. Ο Χανς Κάστορπ βρίσκεται σε κάποια σύγχυση - ακούγοντας τις μακρές διαμάχες μεταξύ του Σέμπμπριν και της Ναφτά, συμφωνεί με το ένα ή το άλλο, στη συνέχεια βρίσκει αντιφάσεις τόσο στο ένα όσο και στο άλλο, έτσι ώστε να μην ξέρει πλέον από ποια πλευρά βρίσκεται η αλήθεια. Ωστόσο, η επιρροή του Settembrini στον Hans Kastorp είναι τόσο μεγάλη, και η εγγενής δυσπιστία των Ιησουιτών είναι τόσο υψηλή που στέκεται εντελώς στο πλάι του πρώτου.
Εν τω μεταξύ, η κυρία Shosha επέστρεψε στο σανατόριο για κάποιο χρονικό διάστημα, αλλά όχι μόνο, αλλά συνοδεύτηκε από τον νέο της φίλο - τον πλούσιο Ολλανδό Peperkorn. Σχεδόν όλοι οι κάτοικοι του σανατορίου Berghof εμπίπτουν στη μαγνητική επίδραση αυτού του άνευ όρων ισχυρού, μυστηριώδους, αν και κάπως δεσμευμένου στη γλώσσα, της προσωπικότητας και ο Hans Kastorp αισθάνεται κάποια συγγενική σχέση μαζί του, επειδή ενώνονται από την αγάπη για την ίδια γυναίκα. Και αυτή η ζωή τελειώνει τραγικά. Μόλις ο άρρωστος Peperkorn κάνει μια βόλτα στον καταρράκτη, διασκεδάζει τους συντρόφους του με κάθε τρόπο, το βράδυ αυτός και ο Hans Kastorp πίνουν στο Brudershaft και αλλάζουν σε "εσύ", παρά τη διαφορά ηλικίας, και τη νύχτα ο Peperkorn παίρνει δηλητήριο και πεθαίνει, σύντομα η κυρία Shosha φεύγει από το σανατόριο - αυτή τη φορά, προφανώς, για πάντα.
Από μια συγκεκριμένη στιγμή στις ψυχές των κατοίκων του σανατόριου "Berghof" αρχίζει να αισθάνεται κάποιο άγχος. Αυτό συμπίπτει με την άφιξη ενός νέου ασθενούς - του Δανέζικου Ellie Brand, ο οποίος έχει κάποιες υπερφυσικές ικανότητες, ιδίως, ικανός να διαβάσει σκέψεις από απόσταση και να προκαλέσει πνεύματα. Οι ασθενείς είναι εθισμένοι στον πνευματισμό, οργανώνουν συνεδρίες στις οποίες εμπλέκεται ο Χανς Καστόρπ, παρά την καυστική γελοιοποίηση και τις προειδοποιήσεις από τον μέντορά του Σέμπμπρινι. Μετά από τέτοιες συνεδρίες, και ίσως ως αποτέλεσμα του προηγούμενου μετρημένου περάσματος χρόνου τους στο σανατόριο, παραβιάζεται. Οι ασθενείς διαμαρτύρονται, τώρα και έπειτα συγκρούσεις προκύπτουν με την πιο ασήμαντη περίσταση.
Κατά τη διάρκεια μιας από τις διαμάχες με τη Nafta, ο Settembrini ισχυρίζεται ότι διαφθείρει τη νεολαία με τις ιδέες του. Μια αψιμαχία οδηγεί σε αμοιβαίες προσβολές και μετά σε μονομαχία. Η Settembrini αρνείται να πυροβολήσει και στη συνέχεια η Nafta πυροβολεί μια σφαίρα στο κεφάλι της.
Και μετά χτύπησε η βροντή ενός παγκόσμιου πολέμου. Οι κάτοικοι του σανατορίου αρχίζουν να πάνε σπίτι. Ο Hans Kastorp φεύγει επίσης για την πεδιάδα, χωρισμένος από τον κ. Settembrini για να πολεμήσει όπου βρίσκεται κοντά στο αίμα, αν και ο ίδιος ο κ. Settembrini φαίνεται να υποστηρίζει μια εντελώς διαφορετική πλευρά σε αυτόν τον πόλεμο.
Στην τελική σκηνή, ο Χανς Καστόρπ απεικονίζεται να τρέχει, να σέρνεται, να πέφτει, μαζί με τους ίδιους νεαρούς άνδρες με πανωφόρια στρατιωτών που έπεσαν στο μύλο κρέατος του Β 'Παγκοσμίου Πολέμου. Ο συγγραφέας σκόπιμα δεν λέει τίποτα για την τελική μοίρα του ήρωά του - η ιστορία για αυτόν έχει τελειώσει και ο συγγραφέας δεν ενδιαφερόταν από μόνη της για τη ζωή του, αλλά μόνο ως φόντο της ιστορίας. Ωστόσο, όπως σημειώνεται στην τελευταία παράγραφο, ο Hans Kastorp έχει λίγη ελπίδα για επιβίωση.